תשואה מוגברת. תרגול ויישומים אחרונים מראים שהשפעות הדשן הספציפיות של חומרי חיסון מיקרוביאליים מספקים לא רק חומרי הזנה לגידולים, אלא שהחיידקים היעילים שלהם מקדמים ישירות את צמיחת היבול על ידי הפרשת חומרים פעילים כגון ג'יברלין.
איכות משופרת. חומרי חיסון מיקרוביאליים יכולים לשפר את איכות המוצרים החקלאיים. לאחר היישום, תכולת הרכיבים המועילים כגון חלבון, סוכר, ויטמינים וחומצות אמינו גדלה באופן משמעותי, וכתוצאה מכך דגנים ופירות שמנמנים וחלקים, וצבעים בהירים יותר בירקות ובפירות. מוצרים מסוימים יכולים להפחית את הצטברות החנקה, ולשפר את הבטיחות של מוצרים חקלאיים.
עמידות מוגברת למתח יבול. לחיידקים היעילים בחומרי חיסון מיקרוביאליים יש את התפקיד של הפרשת אנטיביוטיקה-כמו חומרים ואנזימים פעילים שונים, שיכולים לעכב או להרוג חיידקים פתוגניים, להפחית את התרחשות המחלות ולשפר את העמידות ללחץ ביבול.
ניצול דשן משופר. חיידקים יעילים מפרקים חומר אורגני בקרקע ליצירת חומצה הומית, ומפחיתים אובדן דשן חנקן. חיידקים יעילים הממיסים אשלגן- וזרחן- יכולים לפרק דשני אשלגן וזרחן כימיים קבועים באדמה לאשלגן וזרחן זמינים, ולשפר את קצב הניצול שלהם.
חומרים מזינים משופרים לקרקע. הפוליסכרידים החוץ-תאיים המופרשים על ידי חיידקים מועילים פועלים כחומר מקשר לצברי קרקע, משפרים את מבנה הקרקע, משחררים את הקרקע, משפרים את חדירות הקרקע ויכולת החזקת מים ודשנים, מגדילים את החומר האורגני בקרקע ומפעילים חומרי הזנה פוטנציאליים בקרקע.
